Szkodliwe zakwity glonów są coraz większym problemem zarówno w słodkiej i słonawej, jak i w morskiej wodzie. Rozwijają się one w odpowiedzi na zwiększoną eutrofizację wód, ale również w wyniku zachwiania równowagi ekosystemów. Występowanie zakwitów uzależnione jest od warunków środowiska oraz od możliwości adaptacyjnych danego organizmu. W morzach zakwity tworzą najczęściej okrzemki, bruzdnice lub haptofity, natomiast w wodach słodkich masowo mogą się rozwijać sinice, zielenice i eugleniny. Morze Bałtyckie jest największym zbiornikiem wody słonawej na świecie, a dzięki temu obiektem bardzo wyjątkowym. Z uwagi na jego zasolenie, średnio 7 PSU (średnia dla mórz na świecie wynosi 35 PSU; wody słodkie mają zasolenie poniżej 0,5 – 1 PSU), występują tu zarówno organizmy morskie, jak i słodkowodne, w tym sinice, których letnie zakwity mogą być naprawdę rozległe i zajmować powierzchnię nawet 200 tys. km2.